Javier Flores se formó en la cantera del Córdoba C. F. Ascendió al primer equipo en 2004 y formó parte de la plantilla que logró el ascenso desde la Segunda B en la temporada 2006/07.

saliendo a jugar los 5 últimos minutos del encuentro ante una afición que lo recibió con una gran ovación.

En septiembre de 2014 el delantero ficha por el Real Murcia tras pasar desapercibido en el Elche.

[3]​ En enero de 2016, se convierte en el primer fichaje del Hércules en el mercado invernal.

En la temporada 2018-19 vuelve a jugar en Segunda División, al continuar defendiendo los colores del Elche.