[1]​ Tras vivir hasta los 5 años en su ciudad natal, Ciudad Real, debido al trabajo de su padre, su familia se mudó a Cuenca primero y a Granada después, donde vivió hasta terminar sus estudios de Bellas Artes en el año 2001.

Debido a esto, unido a su predisposición a las artes escénicas y su formación en Bellas Artes, se le ofreció una primera oportunidad en el mundo del cine que no desaprovechó: la película de terror Bajo aguas tranquilas (2005) dirigida por Brian Yuzna.

Cabe una mención especial a sus actuaciones en multitud de películas de Hollywood, como Mama (2013), The Conjuring 2 (2016), Polaroid (2017), Alien Covenant (2017), It (2017), Slender Man (2018) o It: Chapter two (2019) entre otras, que hacen de Javier Botet el actor español que más películas hollywoodienses tiene en su palmarés.

En 2010 Botet encarnó uno de los papeles de Frankenstein en la adaptación teatral titulada Frankenstein o el moderno Prometeo (representación en la que dos actores interpretaron al mismo monstruo), dirigida por Gustavo Tambascio, en la que compartió el cartel con actores como Raúl Peña o Eduardo Casanova.

La obra se representó en los Teatros del Canal, en la Comunidad de Madrid.