En su primer año como ajacied, Litmanen permaneció como suplente, el propio entrenador Louis van Gaal consideró devolverlo a Finlandia.

Litmanen también fue una de las estrellas del Ajax que ganó la UEFA Champions League en la temporada 1994-95 al AC Milan, junto a otros grandes jugadores como Patrick Kluivert, Edgar Davids, Marc Overmars, Finidi George o Frank de Boer, en el año 1995, Litmanen quedó como tercer clasificado en la carrera por el Balón de Oro que acabaría ganando George Weah.

En los 7 años que Litmanen permaneció en el club neerlandés, Jari ganó cuatro Eredivisie, tres Copas de los Países Bajos y una Copa Intercontinental, además de la ya mencionada Champions.

En 1999 dejó al Ajax y fichó por el F. C. Barcelona por expreso deseo de Louis van Gaal.

En 2001 llegó al Liverpool FC como expreso deseo del entrenador Gérard Houllier que mostró exaltación por tener al finlandés en su equipo, pero, al igual que ocurrió en su estancia en Barcelona, las lesiones hicieron mella en Litmanen que no pudo mostrar su calidad a los seguidores Reds, aun así marcó goles importantes a clubes como el Tottenham Hotspur, Bayer Leverkusen o AS Roma, en su estancia en Liverpool, Litmanen ganaría una Copa de la UEFA, una FA Cup y una Carling Cup.

Tras su paso por los Países Bajos, Litmanen decidió regresar a casa, para jugar en el FC Lahti, donde fue calificado como «el retorno del rey», sin embargo, en invierno de 2005, Litmanen se marchó al FC Hansa Rostock para intentar salvarlo del descenso, meta que no podría cumplir, pues el club germano descendió tras solo un año en la Bundesliga.