Japan Expo fue creada por Jean-François Dufour, Sandrine Dufour y Thomas Sirdey en 1999 en un garaje y en el espacio asociativo de la escuela de comercio ISC Paris donde Sirdey estudió.
Una multitud de actividades aparecen allí, con el cosplay, la música japonesa, quiz, doblaje, y concursos de video, clip, foto, maqueta, cómic y fanzine.
En esta edición, el karaoké, los artes martiaux japoneses, las conferencias que tratan del Japón, las operaciones (1000 grúas para Hiroshima) y los videojuegos aparecieron.
En 2009, la Japan Expo cumplió sus diez años con una primera etapa importante: la exportación de este in provincia.
La primera edición de la Japan Expo Sur se desarrolló en el Parque Chanot de Marsella del 20 al 22 febrero, donde fueron revelados durante una conferencia pública las obras en nominación a los Japan Expo Awards 2009.
Por esta ocasión, y por primera vez desde su creación, la convención tuvo lugar durante cinco días (del 2 al 6 de julio).