Más tarde, trabajó como investigador en el Universidad de Friburgo.

Él ha escrito sobre la historia moderna, la génesis de las modernas formaciones políticas, y la historia social y de pensamiento político en Eslovenia.

También ha escrito sobre la historia de los movimientos políticos en Eslovenia a partir del final del siglo XIX hasta la Segunda Guerra Mundial, especialmente con el socialismo cristiano de Eslovenia y de la historia nacional eslovena.

Desde entonces ha sido crítico del Primer Ministro Janez Janša, a quien acusa de ser un "liberal con un toque de autoridad", que aspira a convertirse en un "Esloveno Józef Piłsudski".

Janko Prunk ha escrito más de 350 artículos especializados y varios libros.