Fue gravemente herido en Dravograd, Eslovenia, pero sobrevivió para convertirse en oficial del Ejérctito Popular Yugoslavo (JNA).

Durante la Primavera croata en los años setenta, apoyó una mayor autonomía para Croacia en Yugoslavia, siendo degradado y expulsado del JNA después de la represión de Josip Broz Tito en el liderazgo croata.

Bobetko tenía la condición de ser una persona plenamente discapacitada, tanto por su lesión en su pierna que sufrió durante la Segunda Guerra Mundial, y más tarde por una temprana decompensación cardíaca en 1994.

Más tarde en ese mismo año, ganó un escaño en las elecciones legislativas en la lista electoral de la Unión Democrática Croata (HDZ).

En septiembre del 2002, el Tribunal Penal Internacional para la ex Yugoslavia acusó a Bobetko como oficial al mando supremo.