[3]​ Lynch trabajó muchos años en teatro, realizando giras con el grupo cómico The Second City, representando el papel de Carol Brady en The Real Live Brady Bunch.

Realizó el papel de Christy Cummings, una cuidadora de perros lesbiana contratada por la esposa-trofeo Sheri Ann Cabot (protagonizada por Jennifer Coolidge), en el mockumentary Best in Show (2000), del director Christopher Guest.

También apareció en A Mighty Wind (2003), como una actriz porno convertida en la cantante folk Laurie Bohner, y en For Your Consideration (2006), como una reportera de entretenimiento.

Protagonizó con John Hannah y William Fichtner el programa MDs (2002), y ha hecho apariciones como invitada en las siguientes series de televisión (entre otras): Desde 2009 hasta el 2015 protagonizó la serie Glee, en el personaje de Sue Sylvester, una profesora de gimnasia manipuladora y ruda.

En 2005, Power Up nombró a Lynch como una de las «10 lesbianas más asombrosas en el negocio del espectáculo».