Nacido en el distrito praguense de Malá Strana (traducido "El barrio pequeño"), cuya calle principal lleva hoy su nombre, fue hijo de un modesto tendero, que combatió al ejército napoleónico, pero no pudo hacer fortuna.

Tuvo que realizar algunos trabajos como oficinista y posteriormente escribió para los diarios Národní listy (Hojas nacionales), Obrazy domova (Vistas domésticas), Čas (Tiempo), Kwěty (Flores) y fundó, junto con Viteslav Hálek, la revista Lumír.

Mantuvo una apasionada relación platónica con la escritora Karolina Světlá, que ésta finalizó abrupta y unilateralmente en 1862, cuando llegó a conocimiento de su marido y provocó el consiguiente escándalo en los círculos artísticos checos.

A pesar de estar documentadas las visitas de Pablo Neruda a la entonces Praga checoslovaca, y sobre su favoritismo por la calle Nerudova ("de Neruda") que lleva el nombre gracias al poeta checo Jan Neruda, hay quienes aún sostienen como tan solo una presunción que el origen del seudónimo adoptado por el poeta chileno Ricardo Neftalí Reyes Basoalto haya sido en atribución directa a la obra de Jan Neruda.

La relación con Jan Neruda fue una idea poco desmentida por Pablo Neruda que apoyó la idea en alguna ocasión, sin embargo existirían discrepancias en la comunidad literaria, probablemente en defensa del valor y originalidad del trabajo del poeta chileno, fundamentadas en la dificultad de acceder a obras traducidas de dicho autor tan lejano en distancia y tan cercano en el tiempo.