James D. Johnston fue un oficial de la Armada de los Estados Unidos, pero como muchos otros, se afilió al ejército confederado -en su caso a la Armada- cuando su Estado natal se unió a la Secesión.
Viviría y estudiaría en ese mismo Estado, al igual que fue allí donde fue nombrado en un principio como guardiamarina de la Armada de los Estados Unidos a comienzos del año 1832.
Después de unirse a la Marina en 1832, estuvo durante varios años subiendo de rango poco a poco hasta que consiguió el rango de teniente en el año 1843. a partir de ese rango no recibiría ninguna otra promoción, a parte del se retiró del servicio en la Marina en el mes de abril del año 1861.
Su servicio inicial como oficial confederado fue como inspector de faro.
El teniente Johnston es el autor del libro «China and Japan», obra que comenzó a hacer después de su viaje a Japón en 1853.