Su padre, Thomas Brooke, fue un alto funcionario del sistema judicial de la Corona británica y su madre, Anna Maria (nacida en Hertfordshire), fue la hija ilegítima del par escocés coronel William Stuart, 9.º Lord Blantyre, y de su criada Harriott Teasdale.

Participó en actos de combate en Birmania hasta ser seriamente herido en 1825 y fue enviado a Inglaterra para curarse.

Ofreció su ayuda al Sultán y consiguieron volver a la normalidad el asentamiento.

Brooke comenzó a establecerse y regir sobre Sarawak: reformó la administración, codificó las leyes y luchó contra la piratería (especialmente contra los piratas moros), lo que resultó algo habitual durante todo su mandato.

Más tarde nombró a otro hijo de su misma hermana (Charles Anthoni Johnson Brooke), quien finalmente sí le sucedió.

Gobernó en Sarawak hasta su muerte en 1868, tras tener tres apoplejías en un periodo de diez años.

Durante toda su vida, los principales vínculos emocionales de Brooke fueron con chicos adolescentes, aunque su biógrafo y contemporáneo Spenser St.

Entre sus relaciones más importantes con chicos se encuentra Badruddin, un príncipe de Sarawak, sobre quien escribe: my love for him was deeper than anyone I knew ("mi amor por él era más profundo que ningún otro que he conocido").

Brooke es mencionado brevemente en la corta historia de Kipling El hombre que puedo reinar (The Man Who Would Be King).