En 2007 se hizo profesor adjunto en el Departamento de Biología Molecular, Celular y del Desarrollo en la Universidad de California, Santa Bárbara.
En 2008 la revista Time le nombró una de las 100 personas más influyentes del mundo.
Desde que se ha hecho socio del Centro Nacional de Wisconsin de Investigación en Primates Thomson ha realizado trabajos pioneros en cuanto al aislamiento y cultura de células madre de humanas y primates no-humanas, células no diferenciadas que tienen la capacidad de convertirse en cualquier de las células que componen los tejidos del cuerpo.
Se denominan células madre pluripotentes inducidas.
Este trabajo fue publicado en Science a finales de 2007.