[1]​[10]​ Fue hijo de un acaudalado comerciante y terrateniente, quien trasladó a toda la familia hacia Sultankhel.

Desde allí, comenzó a organizar una revuelta en contra del gobierno de Khan en 1975.

Fue durante este período en el que Haqqani comenzó a construir una relación con la agencia de inteligencia pakistaní Inter-Services Intelligence (ISI).

Según se dice, Haqqani atrajo el apoyo generoso de ricos países árabes, en comparación con otros líderes muyahidínes.

Algunos medios noticiosos informan que Haqqani incluso recibió una invitación a la Casa Blanca por el presidente Ronald Reagan, a pesar de que las fotografías usadas para apoyar las afirmaciones de tal reunión, han generado dudas de que Haqqani haya viajado alguna vez hacia los Estados Unidos.

[18]​[19]​[20]​[21]​[22]​ (Las imágenes que intentaban confirmar el hecho, mostraban en realidad a Mohammad Yunus Khalis).

[26]​ Originalmente, Haqqani no era miembro del grupo talibán, pero cambió su lealtad hacia ellos en 1995, cuando estos habían tomado el control de Kabul.

Rechazó sus ofertas con el argumento de que, como musulmán, estaba obligado a resistirse y verlos como ''infieles invasores'', tal como lo había hecho con los soviéticos en décadas pasadas.

[29]​ Con su base en Jost bajo constantes ataques aéreos estadounidenses, se cree que entre noviembre y diciembre de ese año cruzó la Línea Durand hacia la región de Waziristán, en Pakistán.

[32]​[33]​ Un ataque aéreo realizado en 2008 hacia Haqqani, causó la muerte de entre 10 y 23 personas.

[34]​[35]​ La madrasa, sin embargo, estuvo cerrada, y Haqqani había abandonado previamente el área.