El juego presenta nuevas armas y dispositivos, nuevas áreas jugables y una historia que continúa después de los eventos de Jak and Daxter: The Precursor Legacy.

Aparecen en Villa Refugio, dirigida por el Barón Praxis quien se encuentra en guerra contra una raza de bestias llamada Cabezachapas.

Dos años después, Daxter le saca de la prisión, y juntos se unen a una organización rebelde conocida como "La Resistencia", que busca colocar al verdadero gobernador en el trono, un niño del que se habla como "El niño".

Durante el curso del juego, Praxis obtiene la Piedra Precursor, un artefacto de inmenso poder.

Jak encuentra a Krew y destruye el dispositivo que está construyendo para romper la piedra.

Daxter se introduce en el interior de la bomba y la desactiva, permitiendo a Jak coger la Piedra.

Jak había sido enviado al pasado para aprender las habilidades necesarias para derrotar a Kor.

Daxter toma posesión del bar de Krew, y lo rebautiza como "El Roedor Truan".

Jak puede atravesar la gran ciudad usando vehículos aerodeslizadores y de medio vuelo.

Más tarde consigue la Turbotabla, pudiendo desplazarse a ras del agua, deslizarse sobre carriles y alcanzar nuevas zonas.En algunas también se podrá usar un traje robótico.

Es la segunda arma en obtenerse y debido a sus cualidades equilibradas, la que más se usa en el juego.

Dispara balas de eco azul como una ametralladora y es más rápida que el relámpago naranja.

Debido a su escasa munición se debe saber usarla y ahorrarla para los enemigos más Fuertes como por ejemplo el jefe final que no te da munición roja, azul y morada.

Jak oscuro obtendrá la capacidad de resistir cualquier ataque del enemigo sin perder vida alguna.

La trama gira en torno a lo que ocurre en gran parte dentro y fuera de Villa refugio, una ciudad gobernada por el Barón Praxis y su Guardia Carmesí encargados de aplicar la ley.

Distintas zonas de la ciudad se abren según vaya progresando el jugador.

Al principio del juego, al igual que en el primer juego de la saga, Jak (voz de Michael Erwin) tiene 15 años y es el protagonista, junto a su compañero Daxter.

Cuando llegan por primera vez a Villa Refugio, Jak es capturado por la Guardia Carmesí y se convierte en el proyecto "Guerrero Oscuro" del Barón Praxis durante dos años, siendo objeto de varios experimentos.

Estos, dándole finalmente, a los 17 años la habilidad de transformarse en Jak Oscuro.

Tuvo que conseguir empleo en ese periodo y llegó a derrotar al general (no jefe) de los Cabezachapas y finalmente le ayuda a escapar al principio del juego.

En el videojuego de este mismo se relata su experiencia tras los sucesos al principio del juego.

Cuando Jak y Daxter la encuentran, les revela que durante los dos años ha estado trabajando en el medio de volver a su tiempo construyendo una réplica de la máquina que les llevó a la ciudad.

Piloto experimentado de carreras que espera poder dar su merecido a Jak.

Su principal objetivo es derrotar a los cabezachapas para conservar el trono, por lo que utiliza cualquier medio para conseguirlo, entre los cuales se encontraba crear una bestia oscura capaz de derrotar a las bestias con pasmosa facilidad.

Fiero guerrero y hábil estratega, luchará por derrocar al malvado gobernador del trono.

Miembro de la resistencia, esta chica por la que Daxter ha perdido el corazón.

Pitonisa muy anciana que vive en el bazar de Villa Refugio con poderes mágicos muy avanzados.