[5][6] Durante su tiempo en el Congreso fue presidente de la comisión de lo Tributario, Fiscal y Bancario.
[8] En las elecciones seccionales de 2009 fue elegido alcalde de Manta, venciendo a Jorge Zambrano, quien buscaba la reelección, en una reñida contienda que requirió el reconteo de votos en Quito.
[9][10] Sin embargo, en las elecciones seccionales de 2014 fue derrotado por el exalcalde Zambrano al intentar conservar el puesto bajo el auspicio del movimiento Alianza PAIS.
[11] En diciembre de 2018 la Contraloría General del Estado emitió un dictamen sancionatorio contra Estrada por haber realizado, durante su tiempo en la alcaldía, nombramientos a funcionarios sin los concursos de méritos ordenados por la ley.
Estrada se pronunció días después aseverando que se intentaba impedir su participación como candidato a prefecto de Manabí en las elecciones del año siguiente, pues la sanción establecía un impedimento legal para que ocupar cargos públicos.