También fue la hermana mayor del sucesor de su padre y el sexto emperador mongol, Aurangzeb.
Una de sus tareas después del fallecimiento de su madre fue supervisar los esponsales y la boda de su hermano, Dara Shikoh, con Begum Nadira Banu, que había sido planeado previamente por Mumtaz Mahal pero que fue pospuesta por su fallecimiento tras dar a luz a su decimocuarto hijo, una niña llamada Gauhara Begum.
Su padre solía pedirle consejo y le otorgó el sello imperial, igual que había hecho anteriormente con su difunta madre.
Cuando la princesa estuvo completamente restablecida, fue en peregrinación al santuario de Moinuddin Chisthi en Ajmer.
[2][3] Hay constancia de los desacuerdos entre Jahanara y su hermano menor Aurangzeb, a quien ella se refería despectivamente como "la serpiente blanca" (probablemente debido a la tez clara de Aurangzeb), "el tigre" o "la pantera".
[7] Jahanara pronto se encontró lo suficientemente segura en su posición como para discutir de vez en cuando con Aurangzeb y obtuvo ciertos privilegios especiales que otras mujeres no podían tener.
Junto con su hermano Dara Shikoh, era discípula del Mulá Shah Badakhshi, quien la inició en la orden sufí Qadiriyya en el año 1641.
Escribió una biografía de Moinuddin Chisthi, el fundador de la orden Chishtiyah, titulado "Mu'ins al-Arwah" así como una biografía del Mulá Shah titulada "Risala-i-Sahibiyah" en la que también describe su iniciación por él.