El JK Tartu Merkuur fue un equipo de fútbol de Estonia que alguna vez jugó en la Meistriliiga, la primera división de fútbol en el país.

[1]​ El club jugó las tres primeras temporadas de la Meistriliiga hasta que descendió en la temporada 1993/94 al terminar en décimo lugar entre 11 equipos.

[2]​ Posteriormente el club pasó jugando entre la segunda y tercera categoría del fútbol de Estonia hasta que en 2004 retorna a la máxima categoría luego de adquirir la licencia del FC Levadia Tallinn.

[3]​ El club continuó otras tres temporadas en la liga, cambiando su nombre en 2006 por el de JK Maag Tartu, y un año después el club desaparece tras fusionarse con el Tammeka Tartu para crear al JK Tartu Maag Tammeka.

[4]​ En 2013 nace el club nace el FC Tartu Merkuur en la II liiga, la cual es actualmente la cuarta división de fútbol en el país y que es considerado el sucesor del club.