Realizó sus estudios secundarios en el Lycée Hoche, en Versailles.

Jérôme Bonnafont es diplomado del Institut d’Études Politiques de París y de la École Nationale d'Administration (promoción Denis Diderot, 1986).

Al ingresar en la carrera diplomática, fue destinado a Nueva Delhi en 1986, donde trabajó a las órdenes de los embajadores Jean-Bernard Mérimée y después André Lewin.

A principios de 1991, al concluir la primera guerra del Golfo, es destinado a la embajada de Francia en Kuwait que reabre el embajador Jean Bressot, y más tarde en 1993 es destinado a la representación francesa ante Naciones Unidas, donde se encarga de las gestiones del Oriente Próximo y de Oriente Medio.

El presidente de la República le nombra portavoz en 2004, función que ocupará hasta el final del mandato en mayo de 2007.