Además, Ivan Đikić fue el primer director científico (2009 - 2013) del Instituto Buchmann de Ciencias Moleculares Biológicas, un instituto interdisciplinario en la Universidad Goethe formado como parte del Grupo de Excelencia en Complejos Macromoleculares.

Empezó centrado en la ubicuitina para entender cómo esta controla múltiples funciones celulares y logró probar un modelo de reconocimiento de señal por diferentes ámbitos especializados y específicos.

Uno de sus focos más importante es la interrelación entre las maquinarias autofágica y endocítica y en este contexto ha aportado ideas fundamentales sobre procesos autofágicos en el retículo endoplásmico (ER-phagy).

Ivan Đikić se ha dedicado asimismo a la educación de científicos y ha contribuido a la organización de numerosos talleres y conferencias internacionales.

En 1998, inició la serie de Dubrovnik Cell Signalling Conferences,[2]​ patrocinadas por EMBO desde 2004.