Sus memorias fuero publicadas póstumamente y una estatua suya se puede ver en Orenburg, ciudad que él fundó.
Después de que Elizaveta Petrovna tomase el trono, Nepliúyev fue acusado de irregularidades y cayó en desgracia, como les pasaría a otros personajes relevantes del anterior reinado.
En 1742 Nepliúyev obtuvo el perdón y fue enviado como gobernador al krai de Orenburg.
En 1760, Nepliúyev fue de nuevo llamado a San Petersburgo y en esta ocasión se le designó senador.
Catalina II premió su experiencia y competencia, de tal modo que abandonaba la capital a su administración cuando ella visitaba otras partes del país.