Esta isla y algunos islotes conforman la Provincia de Santo Tomé, que se divide en seis distritos.

La isla se encuentra a 2 km al norte de la línea ecuatorial.

Su altura máxima es el Pico de Santo Tomé (2024 m) e incluye la capital del país, Santo Tomé, en la costa norte.

La ciudad más cercana en el continente africano es la ciudad de Port Gentil en Gabón a 240 km al este.

El idioma principal de la isla es el portugués, pero también hay hablantes de forro y angolar (Ngola), dos lenguas criollas del portugués.