Su colonización empieza alrededor de 1515 por Gaspar Morales y Francisco Pizarro.

Sus primeros habitantes eran indígenas dedicados a la recolección de perlas.

Los colonizadores pronto diezmaron dicha población y en su lugar trajeron esclavos negros que se ocuparían de la actividad antes descrita y del cultivo de la tierra.

[2]​ La isla de Saboga al igual que el resto del archipiélagos de las Perlas es reconocida por su gran biodiversidad.

La principal actividad económica de la isla es la pesca; sin embargo, recientemente se pretende desarrollar ampliamente el sector turístico de esta localidad.