Se encuentra a unos 50 kilómetros al oeste de la capital, Bisáu, en la desembocadura del río Mansoa.

Dista del continente africano en el punto más estrecho por unos 3 km.

Pertenece a la Región de Cacheu, así como Jeta y Caio.

El clima es tropical con fuertes lluvias durante los meses de verano.

Los habitantes de Pecixes pertenecen al pueblo Manjago (o Manjaku).