Penington se casó con una viuda llamada Mary Springett y tuvieron cinco hijos.
La hijastra de Penington, Gulielma Springett, se casó con William Penn.
Convencidos de que la fe cuáquera era auténtica, Penington y su esposa se unieron a los Amigos en 1657 o 1658.
Se convirtió en un promotor influyente y defensor del movimiento cuáquero, escribiendo extensamente sobre varios temas.
Sus obras completas fueron publicadas inicialmente en 1681 y siguen en impresión en inglés hoy.