Las inundaciones en San Petersburgo se dan a diferentes factores, principalmente el desbordamiento de los ríos cercanos como: río Neva, río Delta y la parte oriental de la Bahía Neva.
Estos desbordamientos se derivan de fenómenos meteorológicos como ciclones en el Mar Báltico, aunados a una corriente de aire del oeste, provocando la formación de una lenta onda Kelvin, que crece y se mueve en dirección del muelle del Neva, donde se combina con el flujo natural del río Neva, provocando un crecimiento en el nivel de la Bahía Neva debido a que el terreno del fondo de ésta es llano y que el Golfo de Finlandia se vuelve angosto cerca del río Delta.
Al inicio del siglo XVIII, el área central de la ciudad sufrió una inundación que creció entre los 13 y 15 dm.
Para prevenir desastres mayores por la inundaciones, se han construido varios terraplenes y caminos pavimentados.
Actualmente, una inundación es considerada como tal, solo en caso de que el nivel del agua supere por 16 dm la marca localizada en el Instituto Gorny.