Originalmente, la aerolínea nacional de Alemania del Este era llamada Deutsche Lufthansa (oficialmente Deutsche Lufthansa GmBH der DDR), pero encontró oposición por parte de Alemania Occidental, con lo cual después de un juicio llevado a cabo en Berna se le entregó la marca Lufthansa a la empresa germana occidental.

La oficina central estaba ubicada en el Aeropuerto de Berlín-Schönefeld en dicha localidad cercana a Berlín Este.

Esto se debía en parte a la decadencia del Baade 152, el cual fue el primer avión jet diseñado en Alemania Oriental.

Interflug operaba principalmente en Europa, particularmente en países de Europa del Este que pertenecían al bloque soviético, aunque también realizaba vuelos a Cuba, Pekín en la República Popular China, algunos países de África alineados a la Unión Soviética, Hanoi en Vietnam, Pionyang en la República Democrática Popular de Corea, y a fines de los 80 a países no comunistas del sudeste asiático incluyendo Bangkok y Singapur, ambos vía Dubái.

En 1971, la aerolínea volaba entre cinco ciudades de Alemania Oriental, habiendo descontinuado todos los vuelos a Karl-Marx-Stadt (Chemnitz).

Interflug realizó su primer vuelo regular a Alemania Occidental en agosto de 1989, desde Leipzig hasta Düsseldorf, sobrevolando espacio aéreo checoslovaco.

A pesar de que Interflug no sobrevivió a la unificación alemana, algunos de sus aviones soviéticos fueron conservados con sus libreas originales en colecciones aeronáuticas abiertas que se convirtieron en atracciones públicas.