Su misión principal es suministrar información meteorológica y climática autorizada, confiable y oportuna sobre el estado y comportamiento futuro de la atmósfera, con el objetivo de velar por la seguridad de la vida humana y a reducir las pérdidas de bienes materiales ante desastres naturales de origen meteorológico, contribuyendo directamente al bienestar de la comunidad y al desarrollo sostenible.

Para cumplir su misión, el Instituto de Meteorología opera el Servicio Meteorológico como Sistema Nacional y lleva a cabo un amplio plan de investigaciones para perfeccionar el propio servicio y contribuir al desarrollo de los conocimientos científicos de la meteorología.

[2]​ La estructura de la institución está constituida por la sede central donde radica la dirección general, junto a nueve centros especializados de investigación y servicios, 14 centros meteorológicos provinciales, incluyendo al municipio especial Isla de la Juventud y una red de 69 estaciones meteorológicas a lo largo del país.

[3]​ Esta institución publica la Revista Cubana de Meteorología.

Este es el espacio en Cuba, que ofrece la posibilidad de comunicar, divulgar y difundir de manera semestral, los avances alcanzados por las ciencias meteorológicas y disciplinas afines.