En 1998, un acuerdo entre la Universidad de Valladolid, la de Salamanca y el gobierno regional hizo posible la transformación del Instituto en Interuniversitario.
En él se imparte el Posgrado Oficial (máster y doctorado) en Estudios Latinoamericanos de la Universidad de Salamanca y desde él se impulsa la edición de la revista científica América Latina Hoy (incluida en los principales índices internacionales de ciencias sociales).
Junto a otras tres Universidades europeas, la Universidad Nouvelle Sorbonne París 3 (Francia), la de Viena (Austria) y la de Varsovia (Polonia), imparten el Máster Internacional en Estudios Latinoamericanos.
También se imparten el Máster Interuniversitario en Cooperación Internacional al Desarrollo, en colaboración con la Universidad de Valladolid, la de León y la de Burgos y el Máster en Antropología Iberoamericana.
Desde su creación, han ejercido como directores del Instituto los profesores Ángel San Juan (1992-1994), Manuel Alcántara Sáez (1994-2007), Miguel Carrera Troyano (2007-2012), Flavia Freidenberg (2012-2015) y Mercedes García Montero (2015-hoy).