Fue fundado en 1896 y está subordinado al Ministerio Federal de Salud .
Anteriormente estuvo ubicado en Frankfurt durante la mayor parte del siglo XX.
El instituto se fundó específicamente para proporcionar una plataforma para la investigación de Ehrlich.
Después de que Alemania se convirtió en república en 1919, pasó a llamarse Instituto Nacional de Terapia Experimental ( Staatliches Institut für Experimentelle Therapie ).
Además de la aprobación, una tarea importante del Paul-Ehrlich-Institut es también proporcionar asesoramiento científico.