El Instituto ofrece programas de posgrado en historia moderna y contemporánea, sociología política, estudios regionales y cooperación internacional.

A partir del año 2008 también ofrece un programa de Licenciatura en Historia con la opción de especialización en Divulgación, Docencia o Gestión del Patrimonio Cultural.

Sostiene además varios programas de investigación, especializados en historia de México, América Latina y el Caribe y en relaciones México-Estados Unidos en los siglos XIX y XX.

Mantiene un muy activo programa de publicaciones periódicas y varios fondos editoriales, incluyendo las revistas Secuencia, Bicentenario y América Latina en la Historia Económica.

La biblioteca Ernesto de la Torre Villar, en la sede Plaza, es una de las más completas para realizar estudios sobre el siglo XIX en México.