Su presidencia recayó en Pedro Luis Uriarte, quien fue consejero de Economía y Hacienda en el Gobierno Vasco y consejero delegado del Banco Bilbao Vizcaya Argentaria, sin que el cargo tuviese remuneración directa alguna.

[1]​ La finalidad concreta de Innobasque es la de promover y desarrollar apoyos a la innovación tecnológica en la sociedad vasca y su tejido productivo, promocionando valores y actitudes que ayuden a dinamizar el desarrollo y la innovación en las empresas y organizaciones, además de difundir estos valores en la sociedad y una imagen exterior positiva en referencia a los mismos en el País Vasco.

La acción de gobierno de la que surgió esta asociación, y que tenía la finalidad de promover una segunda transformación económica (haciendo referencia a la transformación industrial como primera) se completaba con otras dos asociaciones, El Consejo Vasco de Ciencia, Tecnología e Innovación y la Fundación Ikerbasque.

A este conjunto se le denominó «el Tridente Vasco de la Innovación».

La intención final es desarrollar una arquitectura que permita la colaboración ágil entre agentes públicos y privados.