Indonesia estuvo representada en los Juegos Olímpicos de Sídney 2000 por un total de 47 deportistas, 27 hombres y 20 mujeres, que compitieron en 12 deportes.

[1]​ El portador de la bandera en la ceremonia de apertura fue el jugador de bádminton Rexy Mainaky.

[2]​ El equipo olímpico indonesio obtuvo las siguientes medallas:[1]​