Indonesia estuvo representada en los Juegos Olímpicos de Atenas 2004 por un total de 38 deportistas, 22 hombres y 16 mujeres, que compitieron en 14 deportes.

[1]​ El portador de la bandera en la ceremonia de apertura fue el yudoca Krisna Bayu.

[2]​ El equipo olímpico indonesioobtuvo las siguientes medallas:[1]​