Su hermano Iker Flores fue igualmente ciclista profesional.
Debutó como profesional en 1996 con el equipo de la Fundación Eukadi, posteriormente denominado Euskaltel-Euskadi.
En el año 2002 tras haber tenido que acudir al Tour de Francia a última hora sacrificando así el resto de la temporada, "logró" el último puesto, denominado farolillo rojo (al igual que su hermano en 2005).
A pesar de ello finalmente no fue renovado por el equipo, optando por la retirada desoyendo diversas ofertas que tenía para continuar su carrera profesional.
1997 2001 2002 Durante su carrera deportiva consiguió los siguientes puestos en las Grandes Vueltas:[1] —: no participaAb.