Surgieron por primera vez en Europa en el siglo XVI, dentro de la Reforma protestante encabezada por teólogos reformadores como Ulrico Zuinglio, Martín Bucero, Enrique Bullinger, Pedro Mártir Vermigli, Teodoro de Beza y Guillaume Farel.
A lo largo del siglo XVI se fueron extendiendo por Suiza, Escocia, Francia, Países Bajos, Suecia, Noruega, Finlandia, Alemania, Dinamarca, Estonia, Letonia y Hungría.
Varias de estas iglesias locales, o congregaciones, se han extendido por todo el mundo y la mayoría de las denominaciones han experimentado divisiones en múltiples denominaciones.
El compromiso con la enseñanza del calvinismo original por lo general sigue estando reflejado en sus definiciones de la doctrina oficial, pero muchas admiten cierta flexibilidad doctrinal.
[cita requerida] Debido a su pasado histórico, las Iglesias Reformadas tienen la particularidad de ser independientes las unas de las otras, tanto desde un punto de vista doctrinal como organizativo, aunque la mayoría están federadas en Iglesias nacionales (por ejemplo, la Iglesia Evangélica Española).