Esta iglesia debió ser la construcción más importante de Cali en el siglo XVI.
Sin embargo, la construcción del templo no tenía en mente éste propósito.
Se sabe que en 1608 la iglesia matriz de San Pedro no tenía sacristía y estaba en muy malas condiciones: la capilla mayor se había derrumbado y el arco toral estaba por caerse.
[3] Es imposible saber con certeza como era esta iglesia, ya que en la ciudad no queda ningún ejemplar arquitectónico de la época que no haya sufrido alteraciones posteriores.
Según documentos históricos parece ser que esta iglesia tuvo torre en lugar de espadaña.