Establecida en 1885 por el rey Jorge Tupou I con el objetivo de independizarse del metodismo australiano, su primer nombre fue el de «Iglesia Wesleyana Libre de Tonga», y se convirtió en la iglesia oficial del reino.

[1]​Esto desencadenó una crisis, y la subsecuente persecución de fieles wesleyanos.

[2]​ Originalmente llamada «Iglesia Libre Wesleyana de Tonga», se convirtió en la iglesia estatal durante el reinado de Jorge Tupou II, quien la renombró como «Iglesia de Tonga Libre» en 1898.

Los reyes Carlota Tupou II y Taufa'ahau Tupou IV fueron bautizados en la Iglesia Libre de Tonga, lo que contribuyó a reafirmar su estatus como denominación del establishment.

[4]​La unión fue rechazada por un grupo liderado por el entonces presidente de la Iglesia Libre Jabez B. Watkin, quien fue destituido por la monarca.