El interior es de nave única con capillas laterales comunicadas por puertas.

El techo de la nave es en bóveda de crucería y el perímetro está recorrido por una tribuna desde finales del siglo XVI.

La iglesia fue renovada a partir de 1723 por el hermano Lacarre, Pablo Diego Ibáñez, que modifica toda la ornamentación interior, convirtiéndola en la iglesia más suntuosa y espectacular de la ciudad y en modelo para otras iglesias posteriores.

El retablo mayor está dedicado a la Inmaculada, también realizado por el hermano Lacarre.

Es un conjunto espectacular de dorados, rojos, verdes, azules y rosas y 18 esculturas a tamaño natural en estilo barroco de transición al rococó.