[1]​ A mediados del siglo XVI, Juanes de Mendizábal el Viejo inició la reforma del templo y durante tres años estuvo al frente de la obra.

No obstante, cuando se dio un fuerte impulso a aquella fue bajo el episcopado del Obispo Fresneda, quien en 1568 encargó a Francisco de Goycoa la remodelación del viejo edificio medieval.

Mendizábal el Mozo, que era sobrino de Juanes de Mendizábal el Viejo, alzó los muros perimetrales y volteó unos arcos entre los contrafuertes, a los que adosó unas columnas de orden dórico; columnas que en el siglo XVIII fueron sustituidas por unas pilastras.

El cuerpo alto, que tiene una hornacina entre dos «ces», tan características del arquitecto Rodrigo Gil de Hontañón, debió de ser alterado en su disposición y decoración.

En el interior han sobrevivido restos de pintura del siglo XVIII.