El Presbiterio, de planta cuadrada y testero plano, más estrecho que la nave, se cubre con bóveda gótica de crucería en cuyos plementos se representan, mediante pinturas murales, las Virtudes Teologales y el Padre Eterno, fechables en el XVII.

Fue realizada en el siglo XVI, por un escultor próximo al círculo del flamenco Jorge Fernández Alemán.

La escena se desarrolla mediante el portal, representado por un edificio en ruinas de estilo clásico, con la mula, el buey y la cabeza de un pastor y el Niño Jesús, desnudo sobre el pesebre, con la Virgen María arrodillada a la derecha con las manos juntas y a la izquierda, San José, reclinado contemplándolo con gesto de admiración.

En las calles laterales se encuentran pinturas sobre lienzos de época del retablo, San Blas a la izquierda y San Juan Evangelista a la derecha.

La cubierta, de bóveda vaída con nervios diagonales y combados, está decorada por pinturas al fresco.

La capilla se recubre con pinturas murales del siglo XVII de motivos florales.