Felipe II ordenó delinear y sacar de cimientos este templo, a la vez que el obispo de Jaén, Baltasar Moscoso y Sandoval donaba 40000 ducados para la capilla mayor.
Las obras fueron paradas, y se reanudaron en el primer tercio del siglo XVII.
En 1681 el arquitecto Eufrasio López de Rojas proyectó la torres.
Tras el desplome de los muros en 1761 debido a su factura con tierra se repararon y continuaron las obras.
Sobre 1770 se terminó la parte superior de la fachada principal y la torre.