En ella se encuentran sepultados su fundador el rey Alfonso XI y su padre Fernando IV.

Sobre las pilastras del segundo cuerpo de la torre se alza un entablamento, adornado con triglifos y metopas lisas, que sostiene la cornisa lisa que cubre la parte superior de la torre.

[5]​ El arco toral, con puntas de diamante, se sustenta en capiteles góticos y cubre la obra medieval.

Bajo los ventanales se sitúan dos portadas neogóticas que permiten el acceso a la sacristía del templo.

[6]​ Sobre las capillas aparecen dispuestas tribunas dirigidas hacia la nave central de la Iglesia.

En el alzado de la nave del templo se emplearon pilastras coronadas por placas recortadas.

[6]​ En el crucero, a la izquierda, se halla ubicado un retablo de la Inmaculada, de estilo barroco y adornado con columnas salomónicas, que fue realizado en 1735 por Teodosio Sánchez Cañada y Martín López.

En las entrecalles del retablo se encuentran las imágenes manieristas de los Santos Juanes, y en la calle central se encuentra la imagen de la Inmaculada, del siglo XVIII.

[6]​ En el ático del retablo se halla colocado un lienzo que representa a San Rafael Arcángel.

[6]​ En el ático del retablo, se halla colocado un lienzo que representa a San José Pignatelli.

Frente a ellos se alza una puerta que comunica el templo con la sacristía, y sobre ella se halla colocado un lienzo, de estilo barroco, que representa el Calvario.

[6]​ En los ángulos de la bóveda se hallan colocadas cartelas en las que aparecen representaciones del Cordero, panes, vid y fuente.

En el centro de la capilla se halla un rosetón, adornado con motivos vegetales y con la paloma del Espíritu Santo.

El retablo de la capilla, de estilo barroco y realizado alrededor del año 1755, está realizado en madera tallada sin policromar y presenta una forma cóncava que se adapta al medio punto del arco de la capilla en el que se halla colocado.

El ático del retablo es una moldura polilobulada y flanqueada por motivos vegetales tallados.

Fueron esculpidas por el imaginero Antonio Castillo Lastrucci en 1945 y fueron restauradas por Miguel Ángel González Jurado en 1993.

[6]​ En el lado izquierdo de la nave se hallan dos retablos del siglo XVIII.

[12]​ Hasta que transcurrió un año desde la defunción del monarca, cuatro cirios ardieron permanentemente junto a su sepultura y, diariamente, durante ese año, el obispo de la ciudad y el cabildo catedralicio entonaron responsos una vez al día por el alma del difunto rey junto a su sepultura.

[7]​ Sobre una mesa de altar se halla una escultura del siglo XVIII que representa a Santiago Apóstol, que muestra el influjo de Pedro Duque y Cornejo.

Diez lenguas de madera, para ocho contras (C,D,E,F,G,A,B,H), tambor y timbal.