La Iglesia de San Francisco Javier (en lituano: Šv.
Pranciškaus Ksavero bažnyčia) está situada en el casco antiguo de Kaunas, Lituania.
La iglesia dedicada a San Francisco Javier fue construida en la plaza del ayuntamiento, en la parte vieja de Kaunas por parte de los jesuitas.
Estos abrieron su primera residencia en Kaunas en 1642 y establecieron una capilla en la Cámara de Perkūnas en 1643.
La construcción de la iglesia comenzó en 1666, y fue consagrada en 1722.