La iglesia es atendida por los hermanos franciscanos de la ciudad de Loja y mantiene culto al Divino Niño y los ciudadanos acuden a pedir favores y a dar gracias por los milagros alcanzados.

La iglesia mantiene un estilo clásico colonial español, y está considerada como un museo del arte religioso por las diversas obras de arte que encierra esta iglesia.

Esta iglesia fue construida en el año 1548 por los hermanos franciscanos que llegaron a Loja con la misión de evangelizar a las personas de la ciudad de Loja.

La estructura de la primera iglesia de San Francisco fue construida en 1564 y el corregidor Pedro Javier Valdivieso la reconstruyó después del terremoto de 1749.

La iglesia está ubicada en el centro, en el barrio de San Francisco (calles Bolívar y Colón) de la ciudad y pertenece a la parroquia de Sucre.