Su construcción primitiva data del año 1672 y fue construida por los Jesuitas.

[1]​ Durante los primeros años sufrió la destrucción del pirata Bartolomé Sharp, como también designios de la naturaleza.

En 1798 el cuerpo superior de la torre fue destruido por un huracán, siendo reconstruido al año siguiente.

Posteriormente, en 1847 un terremoto volvió a destruir la torre, siendo reconstruida por Juan Herbage tres años después.

En 1903 un nuevo terremoto provocó daños generales en la estructura, mientras que en 1912 un incendio destruyó completamente el templo, tras lo cual fue reconstruida al año siguiente transformándola a un edificio de tres naves.