Fundada tras la conquista de Ceuta cómo una ermita a las afueras de poblado sobre una pequeña mezquita a la entrada de la antigua puerta de la Ciudad por el Valle, marcado por la torre Almansuria, hoy del Heliógrafo.

En ella la tradición dice que se celebró la primera Misa y se armarón caballeros a los hijos de Juan I de Portugal, lo que no es verdad cómo demostró el sacerdote y canónigo de la Catedral de Ceuta, Salvador Ros Calaf, surgiendo esta leyenda en el siglo XVII, al aumentar la devoción y saberse que al entrar el Rey en la Ciudad, este estaba herido en una pierna y se quedó a descansar en una mezquita, hoy este templo, hasta que Ceuta hubiera rendido, para entrar el sin peligro.

También en el XVII, segunda mitad, se empieza a reconstruir el templo, en 1677 los franciscanos intentaron fundar en ella un convento, pero en el XVIII sufre múltiples transformaciones, albergando el Cabildo Catedralicio al quedar en ruinas la Catedral y esta estar fuera del alcance de la artillería enemiga, lazareto con la epidemia de 1743-44 y almacén de pólvora entre 1772 y 1778.

En estos años, ocurrieron milagros, cómo la curación de la sordera de una mujer y la salvación de una niña a la que le cayó el badajo de una campana en la cabeza sin sufrir daños, al volver la imagen de la Virgen del Valle a este templo en 1778, recibiendo diferentes indulgencias.

En ella se encuentra la Virgen del Valle, una imagen románica de piedra, que se dice procedía de un aerolito, traído por Juan I en su embarcación para la Catedral, pero al cambiarse su advocación a La Asunción, esta imagen pasó al Valle, donde existe desde ya en 1581 Su fachada principal consta de una puerta de ingresa en arco escarzano, sobre el que se sitúa un óculo y sobre él, una espadaña.