Su historia se inicia en el siglo VI-VII, cuando unos eremitas eligieron esta zona para llevar una vida retirada dedicada a la oración.

Junto a otras cuevas artificiales excavadas en la roca, que se encuentran en sus proximidades, toman este lugar para labrar varios recintos que harían de iglesias y de celdas habitables, siendo en total cinco las cuevas artificiales horadadas en la peña.

Siglos después se construyó un edificio adosado a la roca, quedando algunas de estas cuevas, integradas en su interior.

En un extremo, dos arcos rebajados dan paso a la planta que acoge el altar mayor, también de piedra (siglo XVIII).

[6]​ En el interior se apoya en tres medias columnas toscanas, de fecha posterior a la primitiva construcción medieval.

Dos amplios arcos rebajados dan paso desde dicho vestíbulo a la nave del templo, excavada en roca viva.

[8]​[7]​ La Virgen de la Peña ha tenido veneración en la zona, existiendo una Cofradía que celebraba numerosos actos a lo largo del año.