Fue inaugurado oficialmente el Domingo, 23 de octubre de 1695 y fue financiada conjuntamente por los portugueses y el Gobierno colonial holandés.

El primer sermón fue pronunciado por el reverendo Theodorus Zas y contó con la presencia del Gobernador General Willem van Outhoorn.

Durante la ocupación japonesa de Indonesia en 1942, el nombre "Iglesia portuguesa" fue prohibido y la iglesia cerrada por dos años.

[1]​ El ejército japonés deseaba transformar el lugar en un columbario para los soldados caídos.

[2]​ Durante la transición gubernamental, el gobierno holandés transfirió la propiedad de la iglesia a las Iglesias protestantes del occidente de Indonesia.