A raíz de los actos de discriminación (como los feligreses negros que se vieron obligados a abandonar el culto), muchos cristianos negros la abandonaron para formar sus propias iglesias.
La incipiente iglesia hizo construir múltiples templos y pronto se formaron sobre la base de la congregación original.
Estas iglesias fueron atendidas por congregación negra, pero el ministerio lo realizaban ministros episcopales blancos.
En 1820, seis de las iglesias se reunieron para ordenar a James Varick como anciano y en 1821 se hizo el primer Superintendente General de la Iglesia AME Sion.
Un debate tuvo lugar en el iglesia metodista dominada por Blancos sobre la posibilidad de tener ministros negros.