Siendo aún joven Ibn Yunus, la dinastía fatimí llegó al poder y fundó la nueva ciudad de El Cairo.

En El Cairo, Ibn Yunus trabajó como astrónomo de la dinastía fatimí durante veintiséis años, primero para el califa al-Aziz y luego para al-Hákim.

Ibn Yunus dedicó su obra astronómica más famosa, al-Zij al-Kabir al-Hakimi, al último de ellos.

En astrología, es conocido por hacer predicciones y haber escrito el Kitab bulugh al-umniyya ("Sobre el logro del deseo"), una obra en relación con las salidas helíacas de Sirio, y sobre las predicciones relativas a qué día de la semana se iniciará el del año copto.

[10]​[11]​ También se cree que Ibn Yunus fue un poeta árabe, aunque esto no es seguro.