[1][2] La investigación del IMARPE abarca el conocimiento del mar y su dinámica mediante el estudio de los procesos oceanográfico físicos, químicos y biológicos con un enfoque eco sistémico.
Bajo este enfoque se investiga la relación entre los recursos pesqueros, el ambiente y la actividad pesquera, brindando asesoramiento en el manejo de los recursos y el entorno marino, respetando y promoviendo los conceptos de desarrollo sustentable, conservación de la biodiversidad marina, protección del medio ambiente y pesca responsable.
El IMARPE cuenta con cinco Direcciones Generales que contemplan diferentes líneas de investigación: El IMARPE cuenta con laboratorios costeros ubicados estratégicamente en el litoral dónde se efectúan trabajos de seguimiento de las pesquerías y de los principales recursos de importancia económica y social, como son las pesquerías pelágicas (anchoveta, sardina, jurel, caballa, atún y otras), pesquerías demersales (merluza y otras) e invertebrados marinos (pota, concha de abanico, chanque, almeja, macha y otros).
El IMARPE realiza investigación científica a gran escala en el mar peruano contando para ello con la siguiente flota[3] principal: Asimismo, cuenta con tres embarcaciones de investigación científica de menor escala: IMARPE IV, IMARPE V e IMARPE VI, de multipropósito para trabajo costero.
Además dispone de embarcaciones menores asignadas para apoyar en las labores de investigación a los laboratorios descentralizados del IMARPE.